広報委員会

2015年3月発足。広報委員を委員長とし、広報担当理事と広報の様々な分野における知識を有する若干名の会員で構成されます。ウエブサイトの充実、各種パンフレット刊行、大会時のハイライト発表のプレスリリース、アウトリーチ活動の強化を図るとともに、新規会員入会の開拓を目指した活動を行います。

将来構想委員会

2012年1月発足。会長を委員長とし、理事会（旧幹事会）メンバープラス若干名の会員からなり、物理・化学・生物の３サブグループ（SG）に分かれて活動しております。過去約10年間の海洋学の発展のレビューと将来の研究の方向性を議論し、日本学術会議への大型研究計画提案等進めて参ります。

海洋環境問題研究会（旧海洋環境問題委員会）

「海洋環境に関わる「海洋の自然をとり扱う分野専門家」として、これまでの海洋環境保全と環境影響影響評価の問題点を明らかにすることは、当研究会の責務であると考える。そこでこれまで、沿岸環境で最も強く「開発」政策とその不十分な環境影響アセスメントに関して、環境保全策を行うためにはどのようなことが問題であるかを論じ、その結果「三番瀬埋め立て計画」、「中海本庄工区干拓」と「中部国際空港建設」をとりあげ、その課題を明らかにした。」（海洋環境問題研究会ウェブサイトより）

沿岸海洋研究会

「本会は沿岸海洋に関する諸問題の研究，調査を行い，沿岸海洋学の進歩，普及をはかることを目的とする。」（日本海洋学会沿岸海洋研究部会規約より）

定期刊行物「沿岸海洋研究」を年1回発行。年会費：個人会費 5,000円、団体会費 10,000円、賛助会費　20,000円以上。但し、団体会費、賛助会費は半年ごとに分納可となっております。　事務局：〒790-8577　松山市文京町2-5　愛媛大学沿岸環境科学研究センター内

教育問題研究会

2003年4月発足。初等中等教育および高等教育における海洋の教育、ならびに一般国民を対象とした海洋の教育、海洋に関する知識の普及等を図るため、そのための手段を検討し実施することを目的として設立されました。

ブレークスルー研究会（2023年解散）

2013年4月発足。会長を委員長とし、本学会の会員を過半数含む、本研究会の趣旨に賛同した者で、本研究会会長と世話人の承認を得た者から構成され、海洋科学に関する先駆的かつ画期的な成果をあげることが期待される研究（ブレークスルー研究）の推進に必要な方策を検討し実施することを目的として活動しております。

海洋生物学研究会

2016年9月発足。海洋生物学の振興、普及をはかることで、海洋学全体の発展と、海からの恵みに依存する人間社会に貢献することを目的とした研究会です。研究会会則により定められた海洋生物学委員会と学会理事による事務局が主体となり、海洋生物学研究会シンポジウム等を企画・運営して発表と議論の場を設け、特に学生・若手研究者の研究活動を支援します。また、国内の関連 する生物系学会とも連携し、より多くの科学者・学生が海洋科学に接する機会を設けることにより、海洋学会の発展を目指していきます。

日本海洋学会「西南支部」

「本支部は、西南地区(山口県、九州７県、沖縄県)の海洋学の進歩普及を図ることを目的として日本海洋学会内に発足した組織です。日本海洋学会会員で西南地区に在住していれば、自動的に入会することになります。また、地区内に在住しない方でも、海洋学会会員でない方でも入会することができます。地区外へ転出される場合、あるいは海洋学会を退会される場合でも支部への加入を継続することが可能です。』（西南支部ウェブサイトより）